Neben der Dauerausstellung bietet ein 450 m² großer Sonderausstellungsraum Platz für wechselnde dokumentarische oder Kunst-Ausstellungen.

Das Hafenmuseum verfügt nicht über eine eigene Sammlung, sondern bietet Künstlerinnen und Künstlern vorwiegend aus dem Nordwesten die Möglichkeit, hier Arbeiten zu zeigen, die im weitesten Sinne die Themen der Dauerausstellung aufgreifen und aus einer künstlerischen Perspektive beleuchten.

Darüber hinaus zeigt das Hafenmuseum Speicher XI hier dokumentarische Ausstellungen, die die Inhalte der Dauerausstellung ergänzen.